Jeskyně v Prachovských skalách jsou pseudokrasového původu a vznikly ve skalách a skalních věžích z kvádrových pískovců. Největší z nich je Bratrská modlitebna. Je dlouhá 31 metrů. Vznikla zřícením pískovcových bloků, které se zaklínily a utvořily jeskynní strop. Jeskyně Strážce valů leží u paty skalní stěny. Je to jeskynní výklenek hluboký 3 m, široký 6 m a vysoký téměř 1,5 m. V jeskyni Kladivo lze několika vstupy v suťovém závalu sestoupit mezi zaklíněnými balvany do hloubky 9 m. Jeskyně je dlouhá 29 m.