Původní dřevěný kostel, který je písemně připomínán k roku 1384, byl v roce 1603 nahrazen kamenným. Dnešní zděný kostel dali postavit kartuziáni v letech 1751-1753. Stavba je řešena v duchu Dienzenhoferovy stavitelské školy. Jsou zde uplatněny vlivy končícího baroka a počínajícího klasicismu.
Do vnějšího obvodu zdi byly v roce1877 vsazeny barokní kamenné reliéfy, které zobrazují křížovou cestu Ježíše Krista. Tato barokní křížová cesta z roku 1772 byla původně zasazena ve hřbitovní zdi kolem kostela, ale po zrušení hřbitova v roce 1866 byla vsazena do zdi kostelní.
Barevné fresky od českého malíře Václava Kramolína nahrazují v celém kostele v baroku obvyklou bohatou štukovou výzdobu. Zdá se, že se s účinkem působivé freskové výzdoby počítalo již při navrhování stavby, vzniká totiž dojem bohatého členění a zdobení kostela. Figurální výjevy na stropech jsou oslavou sv. Bartoloměje, jemuž je kostel zasvěcen, a který je ochráncem městečka Pecky.
V září roku 1992 byly do velké věže kostela opět zavěšeny dva zvony o hmotnosti 490 kg a 300 kg, které byly pořízeny ze sbírek místních občanů a věřících přátel ze SRN. Vyrobeny byly v umělecké zvonařské dílně Jiřího Svobody v Brodku u Přerova a výtvarnou reliéfní výzdobu provedl akademický sochař Otmar Oliva.